河川で船を航行するなどの行為は原則的に自由ですが、取水堰周辺等、区域によりルールが定められている場合がありますので、懸念がある場合は管理者(一級河川は国交省、二級河川は都道府県、準用河川は市町村)の窓口に問い合わせるのがいいでしょう。桟橋への停泊等を行う場合は、それぞれの桟橋の設置者・管理者の許認可を受ける必要があります。
また河川敷の活用については、その場所が公園や港湾緑地、公開空地などの何にあたるか、管理者がルールを定めていることがありますので、それに従いましょう。占用利用については、少人数の私的な集まりについては特に不要で、イベント等で利用する場合には許認可が必要になります。
上流の天候の影響も含めた増水の懸念や、ダムの放水計画がある際には危険行為になりますので、その点にも気をつけて計画をすると良いでしょう。